Arbejdsgiveren skal give SKAT meddelelse om ansættelsesforholdet under den særlige skatteordning inden 8 dage efter, at indeholdelsespligten er indtrådt, jf. § 16, stk. 3 i BEK nr. 1254/2010. Meddelelsen skal indeholde oplysninger om

• arbejdsgiverens navn, adresse og CVR/SE-nummer,
• medarbejderens navn, adresse og cpr.nr., og
• ansættelsesperioden.

Til dette formål anvendes blanket 01.012, som sendes til det skattecenter, der er anført på blanketten. Blanketten vedlægges kopi af ansættelsesaftalen og eventuel anden nødvendig dokumentation. Hvis ansættelsesforholdet forlænges eller afbrydes før ansættelsesperiodens udløb, skal arbejdsgiveren give SKAT meddelelse herom.

Arbejdsgiveren skal indeholde A-skat med 26 procent af indkomst omfattet af ordningen. Der udskrives ikke skattekort til brug for indeholdelsen.

Arbejdsgiveren skal endvidere indeholde arbejdsmarkedsbidrag.

Indberetning af lønoplysninger til eIndkomst og betaling af A-skat og arbejdsmarkedsbidrag skal foretages hver måned som for virksomhedens øvrige ansatte. Ved indberetning af lønoplysninger for medarbejdere under den særlige skatteordning skal indkomsttypen angives med Forskerordningen (08) og feltet "Kode 68" udfyldes med "26". Hvis medarbejderen har valgt at fortsætte med beskatning med 25 procent, skal indkomsttypen angives med Forskerordningen (08) og "48" i feltet "Kode 68". Såfremt en ansat overgår til almindelig beskatning under ansættelsen, skal lønoplysninger for perioder med løn under den særlige ordning indberettes til eIndkomst som nævnt. Perioder med indkomst til almindelige beskatning skal indberettes særskilt til eIndkomst med indkomsttype "almindelig indkomst" og uden "26 (48)" i feltet "Kode 68". Hvis medarbejderen først vælger beskatning under den særlige skatteordning, efter at arbejdsgiveren en eller flere gange har indeholdt almindelig A-skat, reguleres den indbetalte skat for det indeværende år af arbejdsgiveren.

Udgifter til udenlandsk social sikring skal indberettes til eIndkomst i et nyt felt "89" med indkomsttypen Forskerordningen (08) og "Indtægtsart" (kode 68) skal udfyldes med "26" ("48" hvis der er valgt 25 procent beskatning).

Såfremt betingelserne for anvendelse af den særlige skatteordning ikke er opfyldt, hæfter arbejdsgiveren for den manglende indeholdelse i henhold til KSL § 69 og § 74 samt AMBL § 15, stk. 2 og § 18, stk. 1.

Hvis indeholdelsen er sket med et for lavt beløb, modregnes det manglende beløb i eventuel overskydende skat, jf. KSL § 62, stk. 1. Det sker før der beregnes procentgodtgørelse af overskydende skat. Er indeholdelsen af skat sket med et for stort beløb, modregnes dette i eventuel restskat efter KSL § 61, stk. 1, før der beregnes procenttillæg heraf. Fører modregningen til et samlet overskydende beløb, udbetales dette med procentgodtgørelse. Fører modregningen til et samlet resterende beløb, opkræves dette efter de almindelige bestemmelser i KSL § 61, det vil sige med mulighed for indregning i næste års forskudsskat efter beregning af procenttillæg, jf. Lov nr. 1565 af 21/12/2010 § 1, nr. 13. Bestemmelserne i KSL §§ 62 og 62 A om modregning af restancer og renteberegning af overskydende skat og restskat efter 1. oktober i året efter indkomståret finder ligeledes anvendelse, jf. KSL § 48 F, stk. 13.