Da proceduren for særligt anvendelsesformål med vedtagelsen af EU-toldkodeksen er blevet en særlig procedure, gælder der samme regnskabskrav som for øvrige særlige procedurer.

Bevillingshaveren skal føre et passende bevillingsregnskab over de varer, der henføres under proceduren. Bevillingshaverens almindelige forretningsregnskab kan godkendes som bevillingsregnskab i det omfang, regnskabet anses for at opfylde kravene til et bevillingsregnskab.

For en nærmere gennemgang af et bevillingsregnskab se afsnit F.A.19.3 Regnskaber.