EMCS skal ikke bruges ved transport af karburatorvæske under KN kode 3811 til og fra andre EU-lande samt ved transport af visse smøreolielignende produkter under KN kode 27.10.19.71 - 27.10.19.99 til og fra andre EU-lande, selvom der skal betales dansk afgift ved forbrug i Danmark.

For smøreolieprodukter under KN kode 27.10.11 - 27.10.19.69 skal EMCS dog bruges og virksomhederne skal registreres for EU-handel med visse mineralolieprodukter blanket [23.016]. Disse produkter er nærmere oplistet i Bekendtgørelse nr. 185 af 26. februar 2013 om energiafgift af mineralolieprodukter m.v.