Grundlaget for opgørelse af godtgørelsen er de fakturerede afgifter i samme periode.

Det er dog en betingelse for leverancer af olie og kul, at energiprodukterne er leveret til virksomhedens normale oplagringsanlæg. Se KULAL § 5, stk. 19, og MINAL § 7, stk. 8.

Hvis dette ikke er tilfældet, kan Skattestyrelsen bestemme, at virksomheden først kan opnå godtgørelse af energiafgift og CO₂-afgift på det tidspunkt hvor energiprodukterne bliver modtaget i de normale oplagringsanlæg.

Det er de godtgørelsesprocenter, der er gældende i godtgørelsesperioden, der skal bruges ved beregningen af godtgørelsen.