Bogføringen for en afgiftsperiode skal omfatte de fradragsberettigede køb mv. efter § 37, stk. 2, der i perioden er faktureret eller fortoldet til virksomheden, jf. bekendtgørelsen § 56, stk. 1. Der er i ændringsbekendtgørelsen nr. 1497 af 15. december 2009 foretaget en præcisering af, at det er de fradragsberettigede køb mv., der i perioden er faktureret til eller fortoldet til virksomheden - tidligere var teksten i bekendtgørelsen anført som "leveret" til virksomheden.

Bogføringen af indkøb kan foretages ved betalingen i stedet for ved fakturaens modtagelse. Købsmomsen opgøres da på grundlag af de i afgiftsperioden foretagne betalinger, jf. § 56, stk. 2, i momsbekendtgørelsen. Benyttes denne fremgangsmåde, er virksomheden berettiget til gennem specificerede opstillinger over gæld til leverandører ved momsperiodens begyndelse og slutning at foretage regulering af købsmomsen, således at denne svarer til de af leverandørerne i perioden fakturerede leverancer.

Købsmomskontoen skal reduceres med momsen ifølge kreditnotaer, der modtages fra indenlandske leverandører for returvarer og prisafslag for tidligere indkøbte varer eller ydelser, herunder kreditnotaer med angivelse af moms for dividende, bonus, kasserabatter og andre betingede rabatter, der er blevet effektive, efter at leverancen er foretaget, jf. § 57, stk. 1, i bekendtgørelsen.

Specielt for betalingsstandsninger skal bogføringen være tilrettelagt således, at regnskabet skal opdeles periodisk før og efter betalingsstandsningsdagen (fristdagen).

Hvis momsen af indkøb kun delvist kan medregnes til en virksomheds købsmoms, f.eks. fordi virksomheden har afsætning af momsfri ydelser, kan virksomheden enten opdele momsbeløbet straks ved bogføringen eller notere hele momsbeløbet som købsmoms. I sidstnævnte tilfælde skal den del af momsen, der ikke kan medregnes til købsmomsen, fratrækkes kontoen ved momsperiodens slutning, jf. bekendtgørelsens § 57, stk. 2.