Efter VSL § 2, stk. 2, 2. og 3. pkt., kan den skattepligtige omgøre sin tidligere beslutning om, hvorvidt virksomhedsordningen skal anvendes eller ikke. Tilkendegivelse herom skal indgives til de kommunale skattemyndigheder inden udløbet af ligningsfristen. Det vil med den gældende frist i SSL § 3, stk. 1, sige senest den 30. juni i det andet kalenderår efter det indkomstår, som ansættelsen vedrører.
Formålet med denne regel er at give den skattepligtige mulighed for efter modtagelsen af årsopgørelsen at ændre den beslutning, der træffes ved indgivelsen af selvangivelsen, idet konsekvenserne af beslutningen på dette tidspunkt kan være vanskelige at overskue fuldt ud.
Tilsvarende regel gælder for omgørelse af beslutningen i relation til kapitalafkastordningen, jf. VSL § 22 a, stk. 1, 3. pkt. Betingelserne for at anvende kapitalafkastordningen er behandlet nærmere i E.G.3.1.1.
Efter at et indkomstår er udløbet, har en selvstændigt erhvervsdrivende med kalenderårsregnskab således 1 1/2 år til at træffe den endelige beslutning med hensyn til, om det er personskattelovens regler, virksomhedsordningen eller kapitalafkastordningen, der skal anvendes for det pågældende indkomstår.
I TfS 1998, 719 LSR blev en skatteyder anset for berettiget til at anvende virksomhedsordningen på trods af, at selvangivelsen først var indgivet efter udløbet af ligningsfristen, og valget med hensyn til anvendelsen af virksomhedsordningen dermed først var truffet på dette tidspunkt. Fristen i VSL § 2, stk. 2, 2. og 3. pkt., gælder alene for omgørelse af det selvangivne valg, og da selvangivelsen ikke var indgivet tidligere, og der dermed ikke var truffet noget valg, var der ikke tale om en omgørelse som omhandlet i denne bestemmelse.
Ved siden af denne valgmulighed efter § 2, stk. 2, 2. og 3. pkt., og § 22 a, stk. 1, 3. pkt., i virksomhedsskatteloven gælder de almindelige regler i §§ 34 og 35 i skattestyrelsesloven om ret til at få genoptaget en skatteansættelse i op til tre år - eller mere, i visse nærmere angivne tilfælde. Denne almindelige genoptagelsesadgang efter skattestyrelsesloven omfatter imidlertid ikke de særlige valgmuligheder med hensyn til valg af ordning efter virksomhedsskatteloven.
Bestemmelserne i VSL § 2, stk. 2, 2. og 3. pkt., og § 22 a, stk. 1, 3. pkt., indeholder en ubetinget ret for den skattepligtige til at ombestemme sig inden for den givne frist. Den skattepligtige behøver ikke at begrunde, hvorfor, eller at komme med nye oplysninger. Ved anvendelsen af de nævnte bestemmelser i virksomhedsskatteloven er udgangspunktet, at der er tale om en korrekt skatteansættelse, men skatteberegningen kan ske efter forskellige regler.
Efter SSL § 34 kan en skatteansættelse ændres, når den skattepligtige senest tre år efter udløbet af det pågældende indkomstår fremlægger nye oplysninger, som kan medføre en ændret skatteansættelse. Efter SSL § 35 kan en skatteansættelse uanset treårs-fristen i SSL § 34 foretages eller ændres efter anmodning fra den skattepligtige i visse nærmere angivne tilfælde. Formålet med bestemmelserne i skattestyrelsesloven er at nå en korrekt skatteansættelse. De længere frister i SSL §§ 34 og 35 set i forhold til fristen i VSL § 2, stk. 2, 3. pkt., og § 22 a, stk. 1, 3. pkt., skal ses i lyset heraf.
Bestemmelserne i skattestyrelsesloven og virksomhedsskatteloven kan anvendes sideløbende. Anvendelsen eller ikke-anvendelsen af den ene bestemmelse udelukker ikke anvendelsen af den anden bestemmelse, når betingelserne herfor er opfyldt, men VSL § 2, stk. 2, 2. pkt., henholdsvis § 22 a, stk. 1, 3. pkt., kan ikke bruges til at ændre dispositioner med hensyn til selve skatteansættelsen, og SSL §§ 34 og 35 kan ikke bruges til at ændre valg af ordning. Dette følger af TfS 1997, 545 DEP, som omhandler forholdet mellem VSL § 2, stk. 2, 2. pkt. henholdsvis VSL § 22 a, stk. 1, 3. pkt., og de dagældende bestemmelser i SSL § 4, stk. 1 og 2. Der er ikke ved ophævelsen af SSL § 4 og indførelsen af den nye regler om genoptatgelse i SSL §§ 34 og 35 foretaget nogen ændring af forholdet mellem virksomhedsskattelovens regler om ændring af valget med hensyn til, hvilken ordning, den skattepligtige ønsker at anvende.
Det bemærkes, at de hidtil gældende regler i SSL § 4 om genoptagelse fortsat finder anvendelse på på anmodninger om genoptagelse vedrørende indkomstår før 1997. SSL § 35, stk. 1, nr. 7, om genoptagelse som følge af underkendelse af praksis har dog virkning for underkendende landsskatteretskendelse og domme, der afsiges efter den 1. juli 1999. Bestemmelsen finder dermed også anvendelse for indkomstår før 1997. Genoptagelse af skatteansættelser for indkomstår før 1997 efter SSL § 35, stk. 1, nr. 7, forudsætter dog, at eventuelle afledte ændringer for den skattepligtige eller dennes ægtefælle for samme eller andre indkomstår før 1997 gennemføres.
Se endvidere TfS 1999, 219 LSR, hvoraf det fremgår, at hverken den hidtil gældende SSL § 4, stk. 1, eller VSL § 2, stk. 2, kan anvendes til at ændre dispositioner under virksomhedsskatteloven efter udløbet af selvangivelsesfristen. Kendelsen er nærmere omtalt i E.G.2.7.4 om efterfølgende ændring af overskud.