De gældende regler i KSL § 25 A om beskatning hos ægtefæller af indkomst fra selvstændig erhvervsvirksomhed, om adgang til at overføre en del af virksomhedens overskud til beskatning hos en medarbejdende ægtefælle, og om ægtefællers muligheder for indgåelse af lønaftaler, berøres ikke af virksomhedsordningen. Reglerne suppleres dog af VSL § 12.
 
Fælles ejet virksomhedHvis begge ægtefæller ejer en virksomhed, der indgår i virksomhedsordningen, beskattes indkomst fra virksomheden - bortset fra kapitalafkast, der ikke spares op - hos den ægtefælle, der driver virksomheden, jf. KSL § 25 A, stk. 1 og 2.
 
Fælles drevet virksomhedHvis begge ægtefæller deltager i driften, beskattes indkomst hos den ægtefælle, der i overvejende grad driver virksomheden. Kapitalafkast, der ikke spares op i virksomheden, beskattes dog hos den ægtefælle, der ejer virksomheden, eller hos ægtefællerne i forhold til deres andele i virksomheden efter ægteskabslovgivningens regler, jf. KSL § 25 A, stk. 2.  Se dog E.G.2.3.3 om beskatning af indkomst når ægtefællerne benytter sig af muligheden for fordeling af resultatet af en fælles drevet virksomhed, jf. KSL § 25 A, stk. 8.
Har den anden ægtefælle deltaget i væsentligt omfang i driften af virksomheden, kan denne anses for medarbejdende ægtefælle, således at indtil 50 pct. af overskuddet efter regulering for renter m.v. - dog højst ►159.600 kr. i 1999◄ - kan overføres til beskatning hos denne som personlig indkomst, jf. KSL § 25 A, stk. 3.
Ved beregningen af den del af overskuddet, der kan overføres til den medarbejdende ægtefælle, opgøres virksomhedens overskud efter reglerne for opgørelsen af skattepligtig almindelig indkomst. Til indkomsten skal dog lægges virksomhedens renteudgifter og fradragsberettigede kurstab på fordringer og gæld. Virksomhedens rente- og udbytteindtægter og skattepligtige kursgevinster på fordringer og gæld skal endvidere fradrages.
Overførsel til medarbejdende ægtefælle sidestilles med driftsomkostninger og reducerer dermed virksomhedens overskud. Hvis virksomheden er omfattet af virksomhedsordningen, foretages overførslen til medarbejdende ægtefælle således før fradrag af kapitalafkast. Dermed nedsætter kapitalafkastet ikke det beløb, der kan overføres til en medarbejdende ægtefælle og beskattes som personlig indkomst hos denne. Overførslen til den med arbejdende ægtefælle kan derimod betyde en nedsættelse af det beregnede kapitalafkast, idet kapitalafkastet ikke kan overstige årets overskud efter fradrag af det beløb, som er overført til beskatning hos den medarbejdende ægtefælle, jf. VSL § 12, 2. pkt.
Overførsel kan kun ske for det indkomstår, hvor overskuddet er indtjent, jf. VSL § 12, 1. pkt. Indestående på en virksomheds konto for opsparet overskud kan således ikke overføres til en medarbejdende ægtefælle. Hvis et beløb, som beskattes som personlig indkomst hos den medarbejdende ægtefælle, ikke er udtaget af virksomheden inden årets udgang, posteret på mellemregningskontoen eller afsat til senere faktisk hævning i regnskabet, er beløbet indskudt i virksomheden af den skattepligtige.
Er der indgået en lønaftale mellem ægtefæller i henhold til KSL § 25 A, stk. 7, fratrækkes den udbetalte løn til ægtefællen som en sædvanlig driftsudgift. Beløbet overføres derfor ikke i hæverækkefølgen eller via mellemregningskontoen i modsætning til overførsler til medarbejdende ægtefælle.
 
Virksomhed ejet af den ene og drevet af den anden ægtefælle Hvis den ene ægtefælle ejer, og den anden driver virksomheden, skal den ægtefælle, der driver virksomheden, beskattes af virksomhedens indkomst. Ejeren af virksomheden kan, hvis betingelserne er opfyldt, beskattes som medarbejdende ægtefælle.
Efter KSL § 25 A, stk. 2, er det under alle omstændigheder ejeren, der skal medregne kapitalafkast efter VSL § 7,  som ikke spares op i virksomheden,  ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst og kapitalindkomsten. Den af ægtefællerne, der driver virksomheden, beskattes af den eventuelt resterende personlige indkomst.
Det følger af VSL § 2, stk. 3, at en virksomhed, der ejes af den ene og drives af den anden ægtefælle, i forhold til virksomhedsordningen skal behandles som én virksomhed sammen med den aktive ægtefælles eventuelle andre virksomheder, jf. E.G.2.2.3.
 
Overdragelse af virksomhed til ægtefælleHvis en virksomhedsejer, som har drevet virksomheden, overdrager denne til en medarbejdende ægtefælle, vil den pågældende kunne fortsætte med at spare overskud op i virksomhedsordningen, hvis vedkommende fortsætter med at drive virksomheden. Dette indebærer, at den pågældendes opsparede overskud ikke skal tvangshæves og dermed beskattes som personlig indkomst i forbindelse med overdragelsen af virksomheden til ægtefællen. Kapitalafkast, der ikke spares op, vil imidlertid efter overdragelsen tilfalde den anden ægtefælle i egenskab af ejer af virksomheden og dermed blive beskattet hos denne.
 
Ændring af arbejdsindsatsHvis ægtefællernes arbejdsindsats ændres således, at en virksomhed, som i overvejende grad er blevet drevet af den ene ægtefælle i år 1, i overvejende grad bliver drevet af den anden ægtefælle i år 2, anses virksomhedsordningen efter Skatteministeriets opfattelse ikke for ophørt, medmindre den skattepligtige ønsker det, eller der sker andre ændringer med hensyn til afståelse, ophør eller omdannelse efter reglerne i VSL kapitel 5, jf. E.G.2.15. Dette indebærer, at den ægtefælle, der i overvejende grad driver virksomheden i år 2, indtræder i ægtefællens sted i forhold til virksomhedsordningen. Det vil sige, at den ægtefælle, der i eksemplet i overvejende grad driver virksomheden i år 2, overtager den anden ægtefælles indskudskonto, opsparingskonto, mellemregningskonto, hensættelser, kapitalafkastgrundlag m.v., dog således at kapitalafkast, der ikke spares op i virksomheden, altid tilfalder den af ægtefællerne, der ejer virksomheden, og dermed beskattes hos denne, jf. KSL § 25 A, stk. 2. Disse principper medfører for eksempel, at hvis en eventuel opsparing foretaget af den ægtefælle, der drev virksomheden i år 1, hæves i år 2, skal efterbeskatningen ske hos den ægtefælle, der driver virksomheden i år 2 (TfS 1989, 103 (skm)).