Efter VSL § 1, stk. 2, kan aktier m.v. omfattet af ABL (bortset fra andele i foreninger omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 3 og 4), indeksobligationer, uforrentede obligationer og præmieobligationer ikke indgå i virksomhedsordningen, medmindre den skattepligtige driver næring med sådanne aktiver f.eks. som vekselerer. Afkastet af sådanne aktiver kan heller ikke indgå i virksomhedsordningen. Aktier m.v. omfattet af ABL er udover aktier blandt andet anparter i anpartsselskaber og investeringsbeviser i certifikatudstedende investeringsforeninger. For så vidt angår uforrentede obligationer, har bestemmelsen virkning for sådanne papirer, der anskaffes den 17. maj 1992 eller senere, jf. § 4, stk. 2, i lov nr. 344 af 14. maj 1992.
  Hvis en skattepligtig investerer midler fra virksomheden i aktier eller andre værdipapirer, der ikke kan indgå i virksomhedsordningen, anses et beløb svarende til værdipapirernes værdi for overført til den skattepligtige efter den almindelige hæverækkefølge i VSL § 5. Tilsvarende gælder, hvis den skattepligtige modtager værdipapirerne som vederlag. Der gælder dog specielle regler for tilfælde, hvor den skattepligtige modtager aktier som vederlag i forbindelse med skattefri virksomhedsomdannelse efter VSL § 16 a, jf. E.G.2.15.2.2.
 
Konvertible obligationerKonvertible obligationer kan indgå i virksomhedsordningen, sålænge de ikke er konverteret til aktier. Hvis de konverteres til aktier, kan aktierne ikke indgå i virksomheden, og et beløb svarende til aktiernes værdi anses for overført til den skattepligtige i hæverækkefølgen.
 
AndelsbeviserEfter Skatteministeriets opfattelse har den skattepligtige valgfrihed med hensyn til at lade andele i andelsbeskattede og aktieselskabsbeskattede andelsselskaber indgå i virksomhedsordningen, således at den skattepligtige kan vælge f.eks. at lade en eller flere af andelene indgå i virksomhedsordningen, mens andre andele holdes udenfor. Valgfriheden indebærer også, at den skattepligtige kan vælge at placere andele erhvervet i f.eks. indkomståret i virksomhedsordningen, mens andele erhvervet i f.eks. indkomståret holdes uden for virksomhedsordningen.
  Andelsbeviser er finansielle aktiver, hvilket indebærer, at flytning af andelsbeviser mellem den skattepligtiges privatøkonomi og virksomhedsøkonomien i virksomhedsordningen kun kan bogføres med virkning fra indkomstårets udløb, jf. VSL § 2, stk. 5, som er beskrevet i E.G.2.2.1.
  Andelsbeviser kan således ikke sidestilles med kontante beløb, der efter VSL § 4 a kan indskydes på mellemregningskontoen, jf. definitionen af mellemregningskontoen i E.G.1.2.2.1. Reglerne om mellemregningskontoen er beskrevet nærmere i E.G.2.5.
  Fortjeneste/tab ved afhændelse af andelsbeviser, som er indskudt i virksomhedsordningen, skal indgå i virksomhedens skattepligtige overskud, jf. E.G.2.7.1 og E.G.2.15.
  Efter en overgangsbestemmelse i § 18, stk. 2, i lov nr. 374 af 18. maj 1994 kan andelsbeviser eller andele i selskaber og foreninger m.v., der inden for de seneste 10 år har været omfattet af ABL § 2 b som affattet i lovbekendtgørelse nr. 753 af 15. september 1993, fortsat indgå i virksomhedsordningen.
  Baggrunden for overgangsbestemmelsen er, at andele omfattet af bestemmelsen i ABL § 2 b som affattet før ikrafttræden af reglerne i lov nr. 374 af 18. maj 1994 kunne indgå i virksomhedsordningen. Der var dels tale om andele i andelsselskaber, dels om andele m.v. i selskaber, der inden for de seneste 10 år havde været andelsselskaber.
  Uden den nævnte overgangsbestemmelse ville kun andele i andelsselskaber omfattet af reglerne i SEL § 1, stk. 1, nr. 3 og 4, kunne indgå i virksomhedsordningen. Dette ville indebære, at andele m.v. i selskaber, der befinder sig i ovennævnte 10-årsperiode ikke ville kunne indgå i virksomhedsordningen. For at undgå dette blev der i den nævnte overgangsbestemmelse i § 18, stk. 2, i lov nr. 374 af 18. maj 1994 fastsat regler, der sikrer, at andelene kan indgå indtil udløbet af den nævnte 10-årsregel.