Reglerne finder anvendelse i hele Unionens toldområde, herunder deres søterritorium, indre farvande og luftrum. Der er dog visse undtagelser. Disse forbehold udgør internationale retsakter og konventioner, ligesom EU-reglerne også kan finde anvendelse udenfor EU, med baggrund i disse konventioner m.fl.

I kodeksen er der også indført rammer for, hvordan visse bestemmelser i toldlovgivningen finder anvendelse på varehandelen med EU-varer. Disse regler vedrører bl.a. handelen mellem de steder indenfor Unionens toldområde og de områder, hvor Rådets direktiv 2006/112/EF (momsdirektivet) eller direktiv 2008/118/EF (cirkulationsdirektivet) finder anvendelse, men også for dele af disse områder, hvor direktiverne ikke gælder.

For disse særlige territoriale anvendelsesområder, som de to direktiver regulerer, men hvor reglerne ikke gælder, her finder bestemmelserne også anvendelse, for handelen mellem disse særlige områder.

Se også artikel 5-7 i momsdirektivet samt artikel 5-6 i cirkulationsdirektivet.