Ved overgang til tonnagebeskatning skal der opgøres særlige overgangssaldi for de skibe og de driftsmidler, der helt eller delvis bliver omfattet af tonnageskatteordningen. Se TSL § 16, stk. 1.
Som eksempel på et driftsmiddel, der "delvis" omfattes af tonnageskatteordningen, kan nævnes en container, som ud over at blive anvendt til søtransport også lejlighedsvis anvendes til transport ad landevej.
Der kan således ikke afskrives på en sådan container, uanset at den i et vist omfang benyttes til virksomhed, der beskattes efter de almindelige regler.
De særlige overgangssaldi opgøres ved at foretage en forholdsmæssig fordeling af de eksisterende saldi efter afskrivningsloven efter den regnskabsmæssige værdi af de aktiver, der helt eller delvis omfattes af tonnageskatteordningen, og de øvrige aktiver.
Hvis eksempelvis 75 pct. af den samlede aktivmasse føres ind i tonnageskatteordningen, følger en tilsvarende andel af de eksisterende afskrivningssaldi med som særlige overgangssaldi.
Disse saldi fragår i de tilsvarende saldi efter afskrivningsloven, og selskabets muligheder for at foretage skattemæssige afskrivninger efter de almindelige regler reduceres derfor tilsvarende.
Beløb, som måtte være kommet til beskatning i forbindelse med, at et rederi efter omdannelse fra personligt ejet virksomhed til virksomhed i selskabsform træder ind i tonnageskatteordningen, indgår også på overgangssaldoen. Eventuelle senere udgifter til forbedring af aktiver, der er omfattet af de særlige overgangssaldi, tilgår disse saldi.