Den dansk-malaysiske dobbeltbeskatningsoverenskomst af 4. december 1970 er ændret ved en protokol af 3. december 2003. Protokollen er offentliggjort ved bekendtgørelse nr. 40 af 27. oktober 2008.

Efter protokollens artikel 11 træder den i kraft på datoen for den seneste af de meddelelser, som Danmark og Malaysia skal give hinanden om fuldførelsen af procedurerne for protokollens ikrafttræden.

Efter Folketinget havde godkendt protokollen ved lov nr. 1374 af 20. december 2004, sendte Skatteministeriet en anmodning til Udenrigsministeriet om at meddele til Udenrigsministeriet i Malaysia, at procedurerne for protokollens ikrafttræden var opfyldt fra dansk side. Udenrigsministeriet oplyste derefter til Skatteministeriet, at den danske ambassade i Kuala Lumpur den 17. januar 2005 havde afleveret denne meddelelse til Udenrigsministeriet.

Imidlertid havde udenrigsministeriet i Malaysia allerede den 13. januar 2005 meddelt ambassaden, at protokollen også var godkendt fra Malaysias side. Denne meddelelse blev ikke videregivet til Skatteministeriet.

Protokollen trådte således i kraft den 17. januar 2005 og har, for så vidt angår Danmark, virkning fra indkomståret 2006.

Under hensyn til, at bekendtgørelsen om protokollen og dens ikrafttræden først offentliggøres nu, kan de skattepligtige vælge, at ændringerne ved protokollen efter anmodning først anvendes fra og med indkomståret 2009, for så vidt angår dansk beskatning.