Valget af skatteprocent og periode kan omgøres én gang i løbet af hele den periode, hvor den særlige skatteordning anvendes.

Retten til at foretage omvalg gælder for medarbejdere, der er indtrådt i ordningen den 19. juni 2008, hvor Lov nr. 522/2008 trådte i kraft, eller senere.

Medarbejdere, der den 19. juni 2008 var omfattet af den hidtidige bestemmelse i KSL § 48 E og som er indtrådt i ordningen i 2008, kan foretage omvalg af skatteprocent og periode på samme vilkår som gælder for medarbejdere, der er indtrådt i ordningen den 19. juni 2008 eller senere. Medarbejdere, der den 19. juni 2008 var omfattet af den tidligere bestemmelse i KSL § 48 E og som er indtrådt i ordningen før 2008, kan foretage omvalg til beskatning med 33 procent i en eller flere perioder af højst 60 måneders samlet varighed på samme vilkår som gælder for medarbejdere, der er indtrådt i ordningen den 19. juni 2008 eller senere. Se § 6, stk. 3, i Lov nr. 522/2008 samt bemærkningerne til § 6 i Lovforslag nr. 162/2007.

Hvis en medarbejder ønsker at omgøre sit valg af skatteprocent og periode, skal det ske inden udløbet af de første 36 måneder, hvor medarbejderen er blevet beskattet under ordningen, jf. § 48 F, stk. 5, 1. pkt.

Omvalg af skatteprocent og periode gælder for samtlige perioder, hvor ordningen anvendes eller har været anvendt, selv om perioden på 36 eller 60 måneder er fordelt over flere perioder og ansættelsesforhold.

Hvis arbejdsgiveren har foretaget indeholdelse af A-skat med en anden sats end den valgte, reguleres skatten for den pågældende periode. Den betalte skat behandles som indeholdt foreløbig skat, jf. KSL § 48 F, stk. 5, 2. pkt., jf. stk. 13. Hvis indeholdelsen er sket med et for lavt beløb, modregnes det manglende beløb i eventuel overskydende skat, jf. KSL § 62, stk. 1. Det sker før der beregnes procentgodtgørelse af overskydende skat. Er indeholdelsen af skat sket med et for stort beløb, modregnes dette i eventuel restskat, før der beregnes procenttillæg heraf, jf. KSL § 61, stk. 1. Fører modregningen til et samlet resterende beløb, opkræves dette efter beregning af procenttillæg i 3 rater - normalt - den 1. i hver af månderne september, oktober og november i året efter indkomståret. Hvis der både er en restskat, og der er betalt for lidt i forskerskat, vil en opkrævning af restskatten i 3 rater for den del, som ikke kan indregnes i forskudsskatten, kunne slås sammen med opkrævningen af for lidt betalt forskerskat. Tilsvarende gælder, at en tilbagebetaling af såvel overskydende skat som af overskydende forskerskat kan ske samlet. Se bemærkninger til § 1, nr. 23, i Lovforslag nr. 197/2008 (Lov nr. 521/2009). Bestemmelserne i KSL §§ 62 og 62 A om modregning af restancer og renteberegning af overskydende skat og restskat efter 1. oktober i året efter indkomståret finder ligeledes anvendelse, jf. KSL § 48 F, stk. 13.