Ved L 92, lov nr. 264 af 8. maj 2002, blev lov om beskatning af rederivirksomhed (tonnageskatteloven) vedtaget. Loven har virkning fra og med indkomståret 2001. 

Tonnageskatteordningen er indarbejdet ved  lovbekendtgørelse nr. 965 af 19. oktober 2011 .

Ved bekendtgørelse nr. 26 af 22. januar 2008 om ikrafttræden af visse bestemmelser i tonnageskatteloven blev 2 ændringer til tonnageskatteloven sat i kraft. Det drejer sig om:

- Lov nr. 539 af 6. juni 2007, om ændring af tonnageskatteloven (Justeringer af tonnageskatteordningen),og

- Lov nr. 540 af 6. juni 2007, § 11, nr. 1- 2, om ændring af selskabsskatteloven og forskellige andre skattelove (CFC-beskatning og indgreb mod kapitalfonde m.v.), der indeholder ændringer til tonnageskattelovens §§ 12 (nettofinansudgifter) og 14 (tyk kapitalisering). Disse ændringer har virkning for nettofinansudgifter, der vedrører perioden fra og med 1. juli 2007.

Det skal bemærkes, at ikke hele lov nr. 539 af 6. juni 2007, blev sat i kraft, idet EU-Kommissionen ikke har godkendt alle elementer i denne lov. Alene reglerne om henførelsen af avance ved salg af skibe til at være omfattet af tonnageskatteordningen er godkendt, som forenelig med fællesmarkeret.

Derimod blev reglerne om time-chartede skibe, administration af skibspuljer og omgørelses af tonnageskattevalg udtaget til en formel undersøgelsesprocedure i henhold til artikel 4, stk. 4, i Rådets forordning (EF) nr. 659/1999 af 22. marts 1999 om fastlæggelse af regler for anvendelsen af EF-traktatens artikel 93 om statsstøtteprocedureforordningen for så vidt angår disse ændringer.

Avance ved salg af skibe har virkning for skibe, der omfattes af tonnageskatteordningen 1. januar 2007 eller senere, og for kontrakter om levering af skibe, hvor skibet leveres 1. januar 2007 eller senere. Reglerne har tillige virkning for skibe, der allerede er omfattet af tonnageskatteordningen 1. januar 2007, men som erhverves efterfølgende af et tonnagebeskattet rederi. Uanset disse regler kan et selskab vælge, at ændringerne først har virkning for indkomståret 2008 og senere indkomstår.

Ved lov nr. 1341 af 19. december 2008 om ændring af bl.a. tonnageskatteloven m.fl. blev det vedtaget, at den særlige 6 årsfrist i skatteforvaltningslovens § 26, stk. 5, også skal gælde i transfer pricing-sager for tonnageskattepligtige. Lovændringen har virkning har for skattepligtige med kontrollerede transaktioner, for så vidt angår disse kontrollerede transaktioner, for de indkomstår, hvor fristen for afsendelse af varsel om foretagelse eller ændring af skatteansættelsen ikke er udløbet den 1. januar 2009.

 Senest blev tonnageskatteloven ændret ved lov nr. 254 af 30. marts 2011. Denne lovændring medfører bl.a., at SEL § 2 C selskaber, kan omfattes af tonnageskatteloven, såfremt det er koncernforbundet med et selskab, der er omfattet af ordningen. Endvidere medfører ændringen, at lejede skibe blev ligestillet med ejede skibe i forbindelse med udlejning af skibe mv. Kravet om visse erklæringer skal udføres at selskabets ”generalforsamlingsvalgte revisor” lempet til kun at være ”revisor”. 

Ved valg af beskatning efter tonnageskatteordningen erstattes den almindelige selskabsbeskatning for rederier og operatørselskabers vedkommende med en særlig tonnageskat. Den skattepligtige indkomst ved rederi- og operatørvirksomhed opgøres under en tonnageskatteordning ikke som forskellen mellem skattepligtige indtægter og fradragsberettigede udgifter, som det er tilfældet efter de almindelige regler. Under en tonnageskatteordning sker beskatningen ved at der opkræves en skat af en given størrelse pr. anvendt ton. Tonnageskatten opkræves uafhængigt af rederiet eller operatørselskabets faktiske driftsresultat og således også i de år, hvor rederidriften måtte give underskud.