For at effektivisere toldbehandlingen i forbindelse med TIR-transporter, er det besluttet, at TIR-transporter skal følge de samme rammer, som den almindelige forsendelse af varer i EU. Det betyder, at de virksomheder, der transporterer varer efter TIR-Konventionen, pr. 1. januar 2009 er forpligtet til at angive disse varer elektronisk i NCTS-systemet.

Den elektroniske afgivelse af TIR-data til toldmyndighederne gælder kun inden for EU's toldområde. Den hidtidigt gældende TIR-procedure for udstedelse af TIR-carneter, der ledsager TIR-transporten, fortsætter uændret - også for den internationale garantiforpligtelse. Det medfører bl.a., at der ikke skal stilles særskilt sikkerhed i NCTS.