Der kan dog være tilfælde, hvor rederier i praksis arbejder helt uafhængigt af hinanden, selv om de efter det almindelige kontrolbegreb er koncernforbundne. Rederier, som ikke har fælles ledelse eller driftsorganisation, og som arbejder inden for forskellige forretningsområder, kan derfor træffe hver deres valg, selv om de er koncernforbundne. Et eksempel på forskellige forretningsområder kan være, at det ene rederi udelukkende driver virksomhed med passagerskibe, mens det andet rederi udelukkende driver virksomhed med lastskibe.

Det beror på en konkret vurdering, om koncernforbundne rederier kan anses for at opfylde betingelserne for at kunne træffe forskelligt valg f.s.v. angår anvendelse af tonnageskatteordningen. Der vil ved bedømmelsen heraf bl.a. skulle lægges vægt på, om der i væsentligt omfang er personsammenfald i bestyrelse og blandt ledende medarbejdere, om rederierne drives fra et fælles forretningssted eller ved anvendelse af fælles faciliteter, og om rederierne arbejder inden for beslægtede forretningsområder.

Har koncernforbundne rederier truffet forskelligt valg vedr. anvendelse af tonnageskatteordningen, og opfyldes betingelserne herfor på et tidspunkt ikke længere, vil samtlige de rederier, der ikke længere opfylder betingelserne, skulle anvende tonnageskatteordningen. Tonnageskatteordningen vil skulle anvendes fra og med det indkomstår, hvor betingelserne for at træffe forskelligt valg ikke er opfyldt. Dette vil gælde uanset bestemmelserne om, at valg eller fravalg af tonnagebeskatning er gældende for 10 år.

I sagen SKM2009.704.SR kunne et selskab tvinges ind i tonnageskatteskatteordningen, som følge af at selskabet bliver koncernforbundet med et tonnageskattet selskab. Det er dog en forudsætning, at de koncernforbundne selskaber har fælles ledelse eller driftsorganisation mv. efter TSL § 3, stk. 2, idet selskabet tidligere har fravalgt tonnageskatteordningen i henhold til undtagelsesbetingelsen i TSL § 3, stk. 1, 2. pkt.

Opfylder to koncernforbundne rederier betingelserne for at træffe forskelligt valg - og træffer man rent faktisk forskelligt valg - vil begrundelsen formentlig være, at den ene del er underskudsgivende. Der vil herefter ikke være nogen tilskyndelse til at anvende tonnageskatteordningen for denne del, da tonnageskatten vil skulle betales uanset det faktiske driftsresultat, og et driftsunderskud ikke vil kunne modregnes i andet overskud. Der ligger således heri en selvregulerende mekanisme, idet manglende overholdelse af betingelserne for at træffe forskelligt valg vil medføre, at samtlige berørte rederier vil blive omfattet af tonnageskatteordningen.